农民工劳动关系的特殊性体现在多个方面，由于农民工的就业特点，劳动合同签订率较低，农民工的劳动内容多样化，涉及的行业广泛，由于农民工的流动性大，其劳动关系呈现出不稳定的特点，这些特点使得农民工劳动关系的认定变得复杂和困难。

准确认定农民工的劳动关系具有重大意义，保障农民工的合法权益是核心，通过认定劳动关系，可以确保农民工获得合法的工资、工时、休息休假等权益，公正认定农民工的劳动关系有助于打破城乡二元结构，实现社会公平，维护社会稳定。

在认定农民工劳动关系时，应遵循尊重事实、公平公正、依法认定的原则，具体的认定方法包括审查劳动合同、考察实际劳动关系以及参考相关证据等。

在认定农民工劳动关系的过程中，面临着一些挑战，法律法规的不完善、认定难度大以及劳动者权益保护不足等问题亟待解决，针对这些挑战，我们应采取一系列对策，制定和完善相关法律法规，明确农民工劳动关系的认定标准和程序，加强宣传教育，提高用人单位和劳动者的法律意识，加强监管和建立有效的维权机制也是必要的措施。

农民工劳动关系认定是一项重要而复杂的工作，我们需要政府、社会各界共同努力，完善法律法规，加强宣传教育，强化监管，建立维权机制，以保障农民工的合法权益，促进社会公平与正义，维护社会稳定。